中国科学院昆明植物研究所研究生教育始于1956年，1979年开始招收硕士研究生，1986年开始招收博士研究生。现有生物学和药学2个一级学科，下设有植物学、生物化学与分子生物学、药物化学和药理学4个二级博、硕士培养点以及生物与医药和药学2个专业型硕士培养点。研究所拥有一支高水平导师队伍和学生开展科研实践的一流科研环境。目前，全所有指导教师140名，其中院士3人，博士生导师66名，硕士导师74人。目前在读研究生712人，其中博士研究生264人，留学生14人；硕士研究生448人，含留学生10人。   

    研究所现牵头组建“植物化学与天然药物全国重点实验室”，参与组建“植物多样性与特色经济作物全国重点实验室”，建成1个国家重大科技基础设施“中国西南野生生物种质资源库”、1个国家地方联合工程实验室、5个云南省重点实验室、1个云南省工程研究中心和5个野外台站，拥有2个科学植物园：昆明植物园和丽江高山植物园。植物标本馆（KUN）馆藏标本170余万份，是全国第二大植物标本馆。

    研究所设有植物化学分析测试中心、分子生物学实验中心、天然药物活性筛选中心和生物技术实验中心。拥有400兆、500兆、600兆、800兆核磁共振仪、液相-离子阱色谱质谱联用仪、液相-三重四极杆色谱质谱联用仪等化学分析仪器设备；DNA全自动遗传分析仪、Qiaxcel全自动DNA/RNA分析系统、多功能遗传分析系统等分子生物学实验设备；发酵罐、荧光显微镜、自然光人工气候室等生物技术实验设备。为学生培养提供了充足的科研实践平台。 

    研究所现主办有3个英文学术期刊：《植物多样性（英文）》（Plant Diversity）、《应用天然产物（英文）》（Natural Products and Bioprospecting）和《真菌多样性（英文）》（Fungal Diversity）。三本期刊分别进入Web of Science核心合集收录的植物科学、化学药学和真菌学学科领域Q1区。

    研究生培养环节实行“两段式”教育:第一学年在国科大校区完成课程学习,第二年起进入研究所开展课题研究,实现“理论学习-科研实践”无缝衔接。

    具备完善的研究生奖助政策体系，学生按照国科大相关规定，可享受和参评的奖助学金主要包括四个类别，即国家助学金、中国科学院大学助学金和学业奖学金、研究所奖学金、“助研/助教/助管”岗位津贴。学习科研表现优秀的学生，还可以申请国家和中国科学院设立的各类专项奖学金。

    毕业的研究生整体就业形势良好，受到国内外高校、科研院所和大型企业的广泛青睐，其中高校和科研院所约占62%，机关事业单位、大型企业、医疗机构约占13%。