2009年10月15日，中国科学院生命科学与生物技术局和计划财务局组织专家组在昆明对由中国科学院昆明植物研究所联合云南大学和昆明动物研究所承担建设的国家重大科学工程“中国西南野生生物种质资源库”的科学目标进行了验收，专家组听取了项目负责人科学目标验收总结报告，审阅了有关材料，现场核查了相关设备及保藏种质。经过质疑答辩和认真讨论，形成如下验收意见：

1、依据国家发展和改革委员会“关于国家重大科学工程中国西南野生生物种质资源库可行性研究报告的批复”（发改高技[2004]408号）和中国科学院“关于中国西南野生生物种质资源库科学目标验收依据的批复”（科发计字[2009]189号）中批复的验收指标，经过5年的建设，中国西南野生生物种质资源库建设的科学目标已全部达到。

2、共收集保存野生生物种质资源8444种74641份/株。其中，植物种子166科1337属4781种31199份；植物离体材料844种9123份；植物总DNA 1235种11075份，cDNA 111种1080份，cDNA文库17种18个，分离和鉴定功能基因12个,建立BAC和YAC库各1个；微生物菌种1119种8359株；动物种质资源354种13805份。种质资源圃收集保存的野生种质资源437种49580株（丛）。正式备份保存来自英国千年种子库204份种子、以及国际混农林中心（ICRAF）收集的来自19个国家386份林木种子。超额完成国家发展改革委批复的科学目标和中国科学院批复的科学目标验收细化指标。

3、该项目建成了冷库680立方米、干燥间570立方米和6间步入式培养间等设施，达到了国际公认保存种子的“双15”和-20 ℃ 低温保藏指标；编制并验证标准规范76个；建立了种质资源信息共享管理系统。同时，通过设备的集成创新，形成了在野生生物种质资源分类鉴定评价、种质保存研究和种质资源持续利用三个方面上，集功能基因检测、克隆和验证为一体的技术体系和科研平台。具备了强大的野生生物种质资源保藏能力和科研能力，达到了批复的验收指标。

4、在种质资源库信息管理系统和数据库建设方面，完成了数据规范化整理和数据提交工具程序的开发；建立了种质资源采集数据库，收录种质资源采集信息22365条，图片78142张，实现了保藏种质资源的信息化管理；完成了共享服务信息系统的开发和发布（http://www.genobank.org），页面访问量超过400万人次；建立了中国高等植物基础数据库和云南高等植物基础数据库并提供应用。

5、建立了30余人组成的种质资源保藏中心和分子生物学实验中心两个支撑系统，引进5名高层次人才（4人入选中科院“百人计划”、1人入选云南省高端科技人才），组建了“植物种质资源与基因组学研究中心”，参与组建了“青藏高原研究所昆明部”。通过组织辐射到包括全国58个单位627人的团队，与全国13个自然保护区建立了合作关系，培训450余人次。形成了国际上有竞争力的野生种质资源保藏建设和研究团队。

6、广泛开展国际合作。签署了《中国科学院与英国皇家丘植物园董事会关于野生植物种质资源保护和研究的合作协议》，培养了7名专业人才，20余人次的外国专家参与项目建设，正式备份保存了20个国家的种子资源，在全球生物多样性的保护中发挥了重要作用。

专家组认为：通过5年建设，中国西南野生生物种质资源库已完成国家发展和改革委员会和中国科学院批复的科学目标，成为世界上两个按国际标准建立的野生生物种质资源保藏设施之一，产生了重要国际影响，将在人才培养、全球生物多样性保护、生物产业发展中发挥重要作用。一致同意通过验收。

专家组同时建议加强基因组和种子生理等相关基础研究，加强特殊生物的DNA保存，进一步提高开放与共享水平。

专家组由洪德元院士、魏江春院士、陈晓亚院士以及来自中科院武汉植物园、西南林学院、云南省农科院和云南农业大学等单位专家组成。中科院生物局副局长苏荣辉，中科院昆明分院院长王庆礼，中科院生物局、计财局，云南省发改委、科技厅、财政厅相关职能部门负责人，昆明植物所、云南大学、昆明动物所等建设单位领导李德铢所长、孙航副所长、刘吉开副所长、甘烦远副所长、张克勤副校长、王文副所长以及全体参建人员参加了此次验收会。