以中国科学院生物多样性和生物地理学重点实验室以及民族植物学研究室为学科研究平台。以植物标本馆和信息系统（数字化标本馆，生物多样性信息系统）为支撑，利用野生种质资源库建设的实验平台和植物园的活体收集资源，开展多学科交叉和跨学科研究。同时也为野生种质资源库和植物园的学科发展提供基础理论资料支撑。

三大研究方向一个支撑平台：

1. 生物多样性与生物地理学的研究

2. 重要类群的系统发育和进化的研究

3. 民族植物学及生物多样性的保护

4. 科技支撑平台的建设

主要研究方向

一、东亚及北半球生物地理学的研究

立足西南生物多样性高度富集区域，以东亚古老复杂的植物区系为研究对象和主要研究区域，面向北半球并在全球的角度上，围绕生物多样性形成、传播机制和生物地理格局演变过程及进化动力等科学问题；通过多学科综合和跨学科交叉，在植物分类学、系统学及相关学科研究的基础上，从化石历史、结合DNA分子水平的分异和变异速率，利用所有的生物地理学分析方法（如分支、迁移-传播分析(DIVA),贝叶分析等）；从分子生物地理学、系统进化生物地理学、细胞地理学、植物区系地理学、种属植物地理学、历史植物地理学、系统生物地理学等学科入手，系统全面地研究东亚植物区系的起源和演变过程和机制，进一步探讨跨太平洋间断以及北半球植物区系起源、迁移、灭绝和现代分布格局的形成。同时继续对生物多样性热点地区、生物多样性研究的薄弱地区进行深入研究，进一步完善植物区系区划和植物区系分区。为我国国土整治及规规划、资源评价和生物多样性保护等提供理论依据。

主要发展方向：

1. 跨太平洋间断的分子生物地理学机理

2. 高山植物区系起源和进化

3. 重要类群生物地理格局形成机制的研究（包括孢子植物的多样性及其地理分布格局的研究）

4. 东亚植物区系演变的地质历史及现代分格局形成的研究

5. 热点和重要区域生物多样性的调查和保护（建一个团队带动传统分类）

二、重要类群的系统发育和进化的研究

植物系统发育和进化是揭示植物在进化的历史长河中，如何遗传变异和适应环境形成今天植物多样性重要基础研究，也是当今世界植物科学研究关注的热点科学问题和计划—被子植物APG系统和生命之树计划的的重要组成部分和基础，也是生物地理学、进化生物学、资源植物学等学科的重要基础，不仅是当今植物学研究中重要的科学意义，而且，也是植物资源利用和保护的重要的基础研究。研究将从居群到种系到更高一级分类单元的起源进化的历史进程，辐射适应，变异机制进行深入系统的研究。主要研究内容包括：对植物系统进化（包括大型真菌）中的一些重要的类群和居群从分子系统学、细胞学、结构植物学、孢粉学、古植物学等并利用现代系统学各类分析方法进行研究，探讨植物系统发育和进化过程和植物种系形成和发生机制。

主要发展方向：

1. 重要类群的分类、起源和演化

2. 繁殖或物种生物学的研究

3. 孢子植物重要类群的分类及系统演化

三、民族植物学和生物多样性的保护

昆明植物研究所西南是生物多样性热点地区，生物多样性新老皆备，组成复杂；是我国重要的生物资源的基因库；其中也不乏许多生物多样性调查的空白和薄弱地区；由于人类活动的加剧，生物多样性正在受到前所未有的威胁和破坏。另一方面，开发利用生物资源也正是我国经济发展所需。所要开展的研究领域有：

山地生态系统的研究（国际合作）

　  1. 混农林及山地农业生物多样性的研究

　  2. 民族生态学与生物多样性管理

民族药用植物学的研究

民族传统文化对生物多样性的保护及民族植物学的研究

四、科技支撑平台的建设

植物标本馆（数字化）

生物多样性信息系统

大型仪器及其公用实验平台的建设