中国科学院昆明植物研究所建有植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室、国家重大科学工程中国西南野生生物种质资源库、中国科学院生物多样性与生物地理学重点实验室、昆明植物园、丽江高山植物园和青藏高原研究所昆明部等研究部门，以及与世界混农林业研究中心共建的“国际山地生态系统研究中心”、与英国爱丁堡植物园共建的“保护生物学联合实验室”、与著名国际化妆品公司Mary Kay共建的“个人护理品联合实验室”等，还设有科技信息中心、仪器分析测试中心、标本馆、种质保藏中心、园林园艺中心等具有先进水平的重要科技支撑条件。